Desde 1893 el sentimiento de gran parte de la profesión médica era la necesidad de reunirse en torno a un colegio profesional. Como parece lógico pensar, el Consejo General de Colegios Oficiales de Médicos (CGCOM) se instaura después de la constitución de los distintos colegios provinciales. Desde Zaragoza y Burgos se propone que se cree un Colegio Central, cuya sede estaría en Madrid, con la misión de fallar en último recurso entre los compañeros asociados, así como en los conflictos de las Juntas de distrito y provinciales.

El colegio de Sevilla en 1899 propone una reunión nacional de colegios en Madrid con un programa específico de debates. Entre los temas a tratar se encuentran la conveniencia de realizar un congreso sobre Deontología Médica (que se celebraría en 1903), la colegiación obligatoria, algunos aspectos de la Ley de Sanidad y la inamovilidad de los médicos titulares.

La reunión se celebró finalmente el día 1 de febrero de 1900, auspiciada por Julián Calleja y Sánchez, presidente del Colegio de Médicos de Madrid, con una duración de tres días, acudiendo 46 de las 49 provincias invitadas. Queda designado el colegio de Madrid como representante de todos los colegios nacionales. Durante ese decenio y el siguiente, las distintas sociedades científicas fueron organizando asambleas nacionales en el citado Colegio.

El 15 de mayo de 1917, se crea por real decreto el Colegio Príncipe de Asturias para Huérfanos de Médicos, en la calle El Pilar de Zaragoza, lo que fomentará la unión entre colegios provinciales, pues deben ponerse de acuerdo en cuanto a la participación en sus cuotas. Otro intento de reunir a las juntas directivas de los Colegios de Médicos se programó para octubre de 1918, coincidiendo con el Congreso Nacional de Medicina, pero la epidemia de gripe impidió su celebración, y hasta el día 26 de enero de 1919 no se celebra una Asamblea de Juntas Directivas.

De aquella Asamblea, a la que acuden representantes de 33 provincias, se concluye con cuestiones relativas a médicos titulares y pensiones para familias de médicos fallecidos en la reciente epidemia, creándose un comité ejecutivo con residencia en Madrid y encabezado por Augusto Almarza, y emplazando otra asamblea para el otoño de ese año.

En esta nueva reunión se plantea más formalmente la creación de la Federación u organización armónica de todos los Colegios de Médicos. A petición de su colegio, se celebra en Valencia el 6 de noviembre de 1920 la Asamblea de los Colegios de Médicos de España, creándose por fin la Federación de los Colegios de Médicos de España, integrada por Confederaciones Regionales, cada una de ellas con un representante, cuyo conjunto formará el Directorio Nacional.

Durante 1921 se celebraron dos Asambleas, la primera en junio en Madrid y la otra en Barcelona en el mes de noviembre, siendo los temas tratados las relaciones de las Juntas de Gobierno y Patronato de Médicos Titulares, el ejercicio de los médicos extranjeros, intrusismo y curanderismo.

Dictadura de Miguel Primo de Rivera

     Durante los años siguientes, la Federación fue adecuando por medio de sus estatutos la relación disciplinaria entre el Colegio y los colegiados, y la relación entre el Estado y los Colegios, en lo referente a su capacidad sancionadora. El 2 de abril de 1925 se publican unos nuevos estatutos, donde aparece el Jurado Profesional de los Colegios de Médicos, el cual será elegido en las Asambleas Generales por el voto de todos los Colegios, siendo renovado total o parcialmente cada dos años, y dando notificación de ello al Ministro de Gobernación y al Director General de Sanidad.10​ El Jurado Profesional constituirá el Consejo General de los Colegios de Médicos, representando el lazo de unión entre ellos.

Como primera acción convoca en noviembre de 1925 la V Asamblea de Directivas de Colegios de Médicos de España, en la cual se establece que serán cinco representantes los elegidos en votación para el Jurado Profesional y otros cinco suplentes, eligiendo presidente en segunda votación entre los cinco electos; en esta ocasión son designados Pérez Mateos de Murcia, Blanc Fortacín de Madrid, Jimeno Riera de Zaragoza, Crespo de Zamora, de la Roca de Sevilla, del Río de Jaén, Aranda de Cádiz, Miguez de Cáceres y Soler de Tarragona.

En la VII Asamblea, celebrada en Sevilla en octubre de 1927, es investido presidente José Pérez Mateos, presidente del Colegio de Murcia. A partir de este momento y de forma progresiva se va sustituyendo la denominación de Federación por la de Consejo General de Colegios de Médicos.

En enero de 1928 se celebra en Barcelona la VIII Asamblea General presidida por Pérez Mateos, en la que se aprueban el proyecto de Previsión Médica Nacional y los estatutos que finalmente se publicarán en el BOE en 1930, donde se consagra al Consejo General de Colegios de Médicos en su papel decisorio para establecer las relaciones entre los Colegios provinciales, los Poderes Públicos y organismos oficiales y los propios colegiados, se anula cualquier otra forma de organización anterior, tanto regional como comarcal, y se crea un único Colegio de Médicos Provincial por cada provincia como única institución oficial de los médicos de España.

II República Española 

     Miguel Primo de Rivera dimite como jefe del Gobierno el día siguiente a la publicación de los estatutos. Durante este periodo transitorio, así como tras la proclamación de la II República, no hubo ningún cambio en la ordenación de la vida médica colegial española.

En el comienzo de la Guerra Civil, el 30 de julio de 1936, un Decreto del Ministerio de Trabajo y Sanidad disuelve toda la estructura colegial En la zona republicana se constituyen en 1937 las Agrupaciones Profesionales de Médicos, siendo su presidente el inspector provincial de Sanidad.

En la zona nacional, en julio de 1937, por orden del Gobierno General se constituye el Consejo General de Colegios de Médicos en el Colegio de Médicos de Valladolid; siendo esta su sede, se nombra una Comisión Permanente, presidida por Enrique Suñer Ordóñez, presidente del Colegio de Valladolid. Esta comisión será el órgano representativo para toda España, dependiente del Gobierno General a través de la Jefatura Superior de Sanidad.

Dictadura de Francisco Franco

     El 30 de octubre de 1940 se dictan nuevas normas para el funcionamiento del Consejo General de Colegios de Médicos, siendo este dependiente de la Dirección General de Sanidad, incluyendo en sus estatutos la obligación de reunirse al menos dos veces al año, y se confirma la dependencia absoluta del Consejo General de los Colegios de Médicos. En 1946 se aprueba un nuevo reglamento, donde se incluyen 22 normas deontológicas, cuatro de las cuales se ocupan de la moral familiar.

Durante este final de decenio de los años 40 y hasta bien entrados los 50, el Consejo participará activamente en cuestiones como la promoción de construcciones de viviendas para los médicos rurales, la reglamentación del Seguro Obligatorio de Enfermedad (S.O.E), en la responsabilidad de velar por el Patronato de huérfanos y en la creación de un Igualatorio Médico Corporativo Nacional.19​ En 1963 se modifica el Reglamento del Consejo aportando profundas innovaciones.

La Asamblea deja de ser de Juntas Directivas y pasa a ser de Presidentes de Colegios, los colegiados serán los que decidan por votación las composiciones de sus Juntas Directivas y éstas a su vez elegirán los componentes del Consejo General. A partir de este momento, ya no existen miembros natos que pertenezcan a la Comisión Permanente del Consejo, circunstancia que produce algunas disensiones y enfrentamientos entre Colegios y Consejo.20​ En 1967 se publica un reglamento en el BOE, destacando que el Consejo General de Colegios Oficiales de Médicos debe considerarse una Corporación de Derecho Público, desvinculándose de la Administración Sanitaria en una corrección posterior.

     Durante los siguientes años, se producen importantes cambios políticos en el país, y en 1980 se aprueban unos nuevos estatutos que incluyen como novedad el derecho de los Representantes de las Secciones Colegiales a tener voz y voto, tanto en las Asambleas como en los plenos, y la posibilidad de que todos los colegiados puedan participar en las elecciones para todos los cargos del Consejo; también se establece la obligatoriedad de los Colegios Provinciales de tener en su seno una Comisión Deontológica, y se implanta que una vez sea efectiva la nueva Organización Territorial del Estado, los Colegios de Médicos se adecuarán a esta nueva ordenación.

El 1 de abril de 2004 se inauguró la actual sede de la OMC, en la Plaza de las Cortes de Madrid; el antiguo “Palacio Linares” (edificio de 1818) mantiene su inicial estructura arquitectónica exterior, pero el interior fue totalmente reformado y adaptado a las necesidades de la institución.

Sucesivas modificaciones de reglamentos en 2006, 2007, 2008 y 2010 han ido transformando la organización del Consejo, como las funciones de los Consejos Autonómicos, representados en el Pleno, la incorporación de los estudiantes de Medicina de forma facultativa en la organización, la incompatibilidad de cargos de los integrantes de la Comisión Permanente con organizaciones o instituciones que puedan tener intereses comunes, o la limitación de mandatos de los Miembros de la Comisión Permanente y de los Representantes de las Secciones Nacionales a un máximo de dos legislaturas de cuatro años de duración; estos cambios que ha integrado el Consejo General pretenden adecuar su proceder a la realidad social del colectivo médico actual.